Cambio del Régimen Especial al Régimen MYPE Tributario y pagos con código errado: efectos tributarios, prescripción y defensa frente a órdenes de pago

Introducción

El cambio de régimen tributario no es un mero trámite formal. Cuando la migración del Régimen Especial del Impuesto a la Renta al Régimen MYPE Tributario no va acompañada de una correcta adecuación en la forma de pago del tributo, pueden generarse contingencias que la SUNAT califica como deuda exigible, incluso años después. Este artículo analiza las consecuencias de efectuar pagos con códigos de tributo errados, el criterio del Tribunal Fiscal y las alternativas legales de defensa frente a órdenes de pago y cobranza coactiva.

1. Cambio del Régimen Especial al Régimen MYPE Tributario y uso incorrecto del código de tributo

Cuando una empresa migra del Régimen Especial del Impuesto a la Renta al Régimen MYPE Tributario, la determinación del impuesto deja de responder a la lógica del RER y pasa a sujetarse a las reglas propias del nuevo régimen. Sin embargo, si el contribuyente continúa realizando pagos utilizando el código correspondiente al RER, se genera una inconsistencia relevante.

Desde la perspectiva de la Ley del Impuesto a la Renta, el artículo 122 establece que los pagos efectuados deben corresponder al tributo y régimen aplicable. En ese sentido, los pagos realizados bajo un código ajeno al régimen vigente no pueden ser reconocidos automáticamente como crédito válido, aun cuando exista intención de cumplimiento por parte del contribuyente. Esta situación es la que origina, con posterioridad, la emisión de órdenes de pago y su exigibilidad.

2. Criterio del Tribunal Fiscal sobre pagos efectuados en un régimen distinto

El Tribunal Fiscal ha sido consistente en señalar que los pagos realizados bajo el Régimen Especial no pueden imputarse de oficio a otro régimen tributario. Así lo ha establecido, entre otras, en las Resoluciones del Tribunal Fiscal N.° 03488-2-2025, N.° 06329-2-2022 y N.° 06262-10-2015.

El criterio jurisprudencial es claro: la Administración Tributaria no se encuentra facultada a trasladar automáticamente pagos efectuados en un régimen hacia otro distinto. Para que dichos montos puedan ser utilizados, resulta indispensable que el contribuyente presente una solicitud de compensación conforme al artículo 40 del Código Tributario. Sin esta solicitud expresa, los pagos permanecen vinculados al régimen bajo el cual fueron realizados, aun cuando dicho régimen ya no resulte aplicable.

Este criterio resulta plenamente aplicable a los casos en los que, tras el cambio al Régimen MYPE Tributario, se mantienen pagos bajo el código del RER, generándose una aparente deuda que respalda la emisión de órdenes de pago.

3. Rectificación de ejercicios anteriores y análisis del plazo de prescripción

Frente a esta contingencia, una de las alternativas que debe evaluarse es la rectificación del ejercicio en el cual se produjo la inconsistencia, a fin de corregir la determinación del impuesto conforme al régimen correcto. No obstante, esta posibilidad se encuentra condicionada por el plazo de prescripción.

Si el ejercicio se encuentra prescrito, la rectificación ya no resulta viable, salvo que se acredite la existencia de actos interruptorios válidos, tales como procedimientos de fiscalización, esquelas de citación u otras actuaciones formales de la SUNAT realizadas dentro del plazo legal. El análisis de la prescripción no es accesorio, sino determinante, pues define si el contribuyente aún cuenta con margen de corrección voluntaria o si debe concentrar su estrategia en la defensa frente al cobro.

4. Arrastre de pérdidas tributarias y efectos en ejercicios posteriores

En el supuesto de que la rectificación del ejercicio no prescrito genere una pérdida tributaria, esta podría ser arrastrada a ejercicios posteriores conforme al artículo 50 de la Ley del Impuesto a la Renta. Ello implicaría, necesariamente, la rectificación del ejercicio siguiente para imputar correctamente dicha pérdida.

Esta secuencia resulta relevante porque incide directamente en la obligación tributaria que sirve de sustento a las órdenes de pago emitidas por la SUNAT. Un error no corregido en el ejercicio de origen puede proyectar efectos indebidos en ejercicios posteriores, consolidando una deuda que no refleja la real capacidad contributiva del contribuyente.

5. Orden de pago, ejecución coactiva y necesidad de impugnación

Debe precisarse que la presentación de declaraciones rectificatorias no suspende por sí misma la exigibilidad de una orden de pago ni detiene un procedimiento de cobranza coactiva. Para que la Administración Tributaria evalúe la modificación de la obligación tributaria, resulta indispensable la interposición de un recurso de reclamación.

A través de dicho recurso, el contribuyente puede sustentar la improcedencia del cobro, cuestionar la validez de la orden de pago y solicitar su anulación mientras se resuelve el fondo de la controversia. Este paso es clave, pues permite trasladar el análisis desde una etapa meramente recaudatoria hacia una revisión jurídica integral del caso.

6. Aplicación práctica del criterio jurisprudencial como recomendación preventiva

El criterio del Tribunal Fiscal analizado resulta aplicable a todos los contribuyentes que hayan cambiado de régimen tributario y mantengan pagos efectuados con códigos errados. Como recomendación práctica, resulta fundamental verificar, inmediatamente después de la migración de régimen, que los códigos de tributo utilizados en los pagos correspondan al régimen vigente.

Asimismo, ante la detección de pagos efectuados en un régimen incorrecto, debe evaluarse de manera oportuna la presentación de solicitudes de compensación, evitando que dichos montos queden inmovilizados y se genere una deuda artificial. La prevención, en estos casos, es siempre menos costosa que la defensa frente a una cobranza coactiva.

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Nota legal de autoría:
Este artículo es de autoría de la Dra. Mery Bahamonde Quinteros, abogada por la Pontificia Universidad Católica del Perú, Máster Tributación y Política Fiscal por la Universidad de Lima. Esta obra se encuentra protegido por normas de propiedad intelectual. Su reproducción total o parcial sin autorización previa está prohibida.

Author

Mery Bahamonde Quinteros